1999年清华大学应用数学系更名为数学科学系并建立应用数学与概率统计研究所。1984年获得应用数学博士授予权，2001年被列入应用数学国家重点学科。

研究方向包括：常微分方程与动力系统、分形理论、偏微分方程与数学物理、概率论与随机过程、数理统计和金融数学。

本所在职教师31人， 包括教授17人、副教授14人。

教授：陈金文、胡家信、简怀玉、李宇翔、梁宗霞、刘思齐、卢旭光、丘成栋、苏宁、王小群、吴昊（女）、文志英、杨晓京、杨瑛、叶俊、章梅荣、张友金。

副教授：陈酌、韩小利、何凌冰、李铁成、林润亮、瞿燕辉、宋伟、唐宏岩、王晓峰、薛金鑫、晏平、杨利军、曾惠慧、章纪民。